Der Sicherheitsdienst der Sternenflotte gewährleistet die Sicherheit auf den Raumschiffen, Sternenbasen und planetaren Einrichtungen der Sternenflotte. Auch nimmt er militärpolizeiliche Aufgaben wahr. Er unterstützt ebenfalls den zivilen Sicherheitsdienst der Föderation und ist so für die interplanetare Verbrechensbekämpfung zuständig. Nicht selten streiten sich die beiden Sicherheitsdienste daher um die Kompetenzen.

Die Sternenflottensicherheit arbeitet auch regelmäßig mit dem Rat für strategische Planung zusammen, da sie genau wie die Sicherheitsoffiziere auf den Raumschiffen für die interne und externe Sicherheit zuständig sind. Sie setzt die Empfehlungen des Rates um und entwickelt angemessene Sicherheitsprotokolle.

Der Führungsstab der Sternenflottensicherheit erhält auch regelmäßig vom Geheimdienst der Sternenflotte und koordiniert gemeinsam mit den Sternenflottenoperationen die Verteidigungsstrategie der Sternenflotte. Es ist noch zu erwähnen, dass die Sternenflottensicherheit auch mit dem Geheimdienst regelmäßig in Kompetenzgerangel verwickelt ist.

Starfleet Special Operations Unit

Die Starfleet Special Operations Unit (SSO) ist die Eliteeinheit der Sternenflottensicherheit. Die Mitglieder sind speziell für Geiselbefreiungen, Anti-Terroreinsätze und Guerilla-Kampf hinter feindlichen Linien ausgebildet. Wenn es also für normale Sicherheitsoffiziere zu gefährlich wird, dann wird die Starfleet Special Opeartions Unit losgeschickt. Von anderen Spezialeinheiten unterscheidet sie sich vor allem dadurch, dass sie breit aufgestellt ist, während es sich bei den anderen um kleinere und elitäre Einheiten handelt, die im Gegensatz zur SSO aufgrund ihrer geringen Größe nicht föderationsweit agieren können. Offiziere, die von der SSO in die reguläre Sternenflotte wechseln, können sich aufgrund ihrer hohen Qualifikationen ihren neuen Posten fast frei aussuchen.

• Chris Bennett gehörte, bevor er in die Abteilung für interne Angelegenheiten wechselte, von 2371-2375 der Sternenflottensicherheit an, die letzten zwei Jahre davon als Stellvertretender Leiter
• Janok Athun war von 2359-2365 ein Teil der Starfleet Special Operations Unit